满桂统帅的辽东军；

毛文龙统帅的东江军；

三等军团有：

史可法统帅的禁卫军第二军团；

曹文诏统帅的边防军第一军团；

马祥麟统帅的边防军第二军团；

侯世禄统帅的远征军第一军团；

秦翼明统帅的远征军第二军团；

秦拱明统帅的定辽军；

李明甫统帅的武威军；

预备军团有：

洪承畴统帅的陕西预备兵团；

左良玉统帅的山西预备兵团；

吴三桂统帅的河南预备兵团；

对各级军团的装备朱慈炅也做了统一的规定，具体的配置是：