左光斗心里大怒，我不是这个意思呀，你不要曲解我的话好吗？可是难道他敢这样说？他只能顺着皇帝的意思说道：“本兵确实有罪，而内阁亦应同罪。”

他既然已经把张鹤鸣坑了一把，那就顺便把方从哲也往下拉一把再说。

方从哲站起道：“臣亦有罪，请陛下责罚。”叶向高和韩爌也站起来请罪，孙承宗是广宁失掉后才进的内阁，当然与他无关，何况他现在还在山海关巡视，所以内阁三人都一起请罪。

朱由校对刑部尚书王纪道：“黄卿觉得应该给他们什么惩罚才合大明律呀？”

王纪站起来说道：“张鹤鸣身为本兵，罪应该革职，至于内阁中三人，则可以罚俸一年，以示惩戒。”

朱由校站起来说道：“拟旨：熊廷弼，王化贞罔负圣恩，丢失辽东，按律判二人斩首之刑。张鹤鸣身为本兵，革除各职，永不叙用。方从哲，叶向高，韩爌罚俸一年。另命黄克缵为兵部尚书。”张鹤鸣因病请辞后兵部尚书没有补上（孙承宗是兵部尚书衔，并不管兵部），而黄克缵在魏忠贤的资料中并不属于哪一党，所以趁这个机会把他扶上来。

众人见皇帝直接下旨，这下就有些慌了，可是皇帝说得有理有据，根本无法辩驳，于是大家只好走感情路线，方从哲为首，众臣一起跪倒道：”请陛下法外开恩，饶过二人性命。“

朱由校道：”二人该斩就应判斩，这个是没有办法的，至于法外开恩的问题，那要看朕愿不愿意了。“

众人听得皇帝口气松动，立即道：”恩出于上，请陛下垂怜。“

朱由校知道大家都有兔死狐悲之感，这个他能理解，于是他说道：”前旨明发，行刑可以稍后，先让他们两人在牢狱中好好思量一下吧。“

众臣大喜，只要当时不杀，那后面再杀的可能性就会小一些了，于是大家一起山呼万岁：”陛下圣明，吾皇万岁万万岁！“