新一军由原王辅臣的骑兵第一镇和现隶属江北军的齐豪第一镇组成，番号改为整编第一镇、新编第一镇。军部驻地暂为江苏淮安，军长由王辅臣出任，总镇由齐豪出任。

新二军由原苏纳第六镇和邵成国的骑兵第二镇组成，番号为整二镇、整三镇。军部驻地暂为扬州，军长由苏纳出任，总镇由邵成国出任。

新三军由李匡明的第五镇和江北军朱庆来的新二镇组成，番号为整四镇、新二镇。军部驻地暂为苏州，军长由李匡明出任，总镇为朱庆来。

新四军由原安徽巡抚蒋和的第三镇和尚可远的新三镇组成，番号为整五镇、新三镇。军部驻地安庆，军长由军部官郭雄出任，总镇为尚可远。

新五军由原西南野战军王有喜的第四镇和卢光祖的远征军第二镇组成，番号为整六镇、整七镇。军部驻地贵阳，军长王有喜，总镇卢光祖。

五大主力中，除新二军、新五军都是由两个甲级镇组成外，其余三个军都是一个甲级镇、一个乙级镇组成。

总共八个甲级镇，五大主力就占了七个，余下一个则是由李瞎子统领的周士相直属卫队和于世忠之子于佑明的火器旅改编而成，番号为整八镇。对这个结果，李瞎子还算满意，虽说没能当上一军之长，但也混了个甲级镇将，且还是大帅身边的近卫镇，算起来不比一军之长差。

原胡启立的第七镇、韩朝宗的第十七镇、王兴的第十镇、甘辉的第十六镇、耿仲德的第十四镇、郭登第的第九镇、蒋和在安徽新编的两镇（镇将为张勇和李本深）、浙江以清军降兵为主改编的两镇（镇江为裘德、鄂多）、广东宋襄公的两镇（镇江为原南阳总兵张超、原花县千户黄四成）都被定为乙级镇。余下各镇则一律定为丙级镇。

各部番号正式确定后，将从现在的驻地调防，军部初步估算，全部调防完毕最少需要半年时间，因此当前主要是五大主力的整编和调防。

军队调防不是接到命令就启程这么简单，还牵扯到家属安置，营地交接、防区整顿等琐事，并且需要调防的各镇大多是步兵为主，受交通道路限制，难以短期集结完毕。就如现驻扎在金厦的胡启立部要调防至安庆，上千里路程下来，光靠脚板底走，就够胡部喝一壶的了。

五大主力整编方案出台后，最高兴的人无疑就是葛老六了，因为他江北军的四个镇有三个被定为甲级镇，且新一军和新二军的驻地都在他江淮经略使的地盘，因此他得意洋洋，以为自己现在是兵强马壮，可以一下指挥两大主力。一众老兄弟中，哪个也没他这么露脸。不想高兴没到两天，军部新的方案又出台了，却是取消了现有各军团编制。

因为之前有过军团一级的编制，现在新建军一级编制，难免和军团这一级职能重合，导致指挥系统混乱。所以周士相决定将现有各军团编制一律裁撤，正式恢复大都督府这一洪武年间节制中外诸军事的机构。

当日从广州北伐时，周士相用的就是大都督的名义，只是却没有恢复大都督府，而是一直以齐王府和军部来执行大都督府的功能。现在重新恢复大都督府，将齐王府和军部的相关职司并入大都督府，也算是周士相对太平军军政体系的一次整合。

周士相本人出任大都督，下辖五军都督，即中军都督、前军都督、后军都督、左军都督、右军都督。

五位都督的人选分别是中军都督铁毅、前军都督葛义、后军都督蒋和、左军都督邵九公、右军都督赵四海。

五军都督各自负责一块区域，亦称为战区。周士相亲自划分了五大战区，以数字为序，分别是第一至第五战区。