根据海军方案，海军主要任务分为近海防御和远洋战斗两大块。负责近海防御职责的是三个海防区：北海守备区、东海守备区、南海守备区。依托岸防，保

卫基地，配置中小型舰船承担常备巡逻等任务。

远洋战斗和跨海进攻则由主战舰队负责，配属大中型舰船，遂行独立远海攻防任务，是海军的中坚力量。为了支持主战舰队的作战，沿海和海外设立若干海军基地，国内基地由各守备区领导管理，海外基地由海军司令部直接管理。主战舰队平常分驻各基地，根据训练计划安排分别训练或合成演练。

各守备区下辖的海防舰队和主战舰队都由若干分舰队构成，日常训练统由海军司令部督导，战时酌情抽调海防舰队补充主战舰队兵力。

海军认为把主力舰船集中到一起编组平常便于管理和训练，战时便于指挥和配合作战---周怀安强调在目前海军实力不强的情况下，集中使用兵力是海军和强敌作战的唯一原则，海军的编制编组也必须充分体现这一原则！

另外，海军陆战队也进行了适当调整。成立海军陆战队司令部，统一领导管理和指挥海军陆战队。三个陆战师分别配置三个守备区，分别负责三个方向上的登陆夺岛战斗。为了加强和协调海军陆战队的两栖作战和远征战斗，每个师编制内增加配属一个船艇大队。该大队平时负责协同训练和日常海岛部队补给。战时则配合运输部队抢滩登陆，夺岛战斗。

在酝酿海军方案时，李旭还特别指示海军---北洋海军虽然已经覆灭了而且很多北洋海军的将士或战死殉国，或自杀成仁。但是还有不少将士遗留，北洋海军的覆灭不应该由他们承担主要责任且这批人都参加过海战，不少人还是早年福

州海军学堂培养的---和义勇军颇有渊源。

因此，李旭不忍这些北洋海军旧部就此流落，要求海军如果有人愿意继续干海军就一律收用，重新回各级海校海院学习，然后重新分配工作---海军的建设和发展离不开人才，只要真心效力国家民族和海军，义勇军一概欢迎！

于是原北洋海军旧部叶祖珪、刘冠雄、陈壁光、萨镇冰等人纷纷加入了义勇军海军。义勇军还将北洋海军的残余舰船、水兵等物质人员全部接受甄别，一一妥善安置和处理---当然那些表现不佳、贪生怕死、抽烟赌博等兵油子是一概不要！

签于朝鲜、琉球两地已经重新纳入了义勇军的保护范围，李旭决定将朝鲜防务由东北军区负责，琉球防务则交海军负责。同时海军开始修建济州岛、琉球、台湾高雄等新的海军基地，为海军的进一步发展奠定基础。

1896年义勇军海军具体编制如下：

海军司令部：海军总司令孙三官海军上jiang，副总司令周怀安海军中，海军陆战队司令韩九万海军中，司令助理李盛海军中校

福州海院：院长周怀安（兼）

主战舰队：司令官周怀安海军中jiang，参谋长林盛海军少jiang

战列巡洋舰队（战巡队）：司令萧海鹏海军大xiao

装甲巡洋舰队（装巡队）：司令高德海军大

驱逐护航舰队（驱护队）：司令邓海军海军上xiao

主战舰队司令部设于基隆，主要基地为：基隆、旅顺、舟山、湛江、吴淞