齐王李祐的这场荒唐的叛乱没有兴起丝毫波澜，却生生打断了李承乾一党的计划。

原本按照杜荷的想法，就应该顺应太白昼见这一天相的启示，借口太子病情危殆，引得天子亲自来探望太子，届时便可趁机发难，控制天子之后，便可以遵从玄武门之变的老套路，尊天子为太上皇，诛杀魏王李泰的余党，李承乾便可以如愿以偿地重回舞台。

齐王李祐叛乱的消息在此时传到长安。对于这位想法大胆却无雄才的弟弟，李承乾是颇不以为然的，也不信他能掀出什么波浪。他还对纥干承基说，“东宫西墙距离皇宫大内只有二十步，要发动政变轻而易举，哪里是齐王可以比的？”他们的谋划一步步近了，但没想到，忽然有一天，纥干承基被捕了。

原来，当初齐王李祐听了舅舅的话，要招纳武功高手做护卫，就曾找过纥干承基。纥干承基不得不按照有关部门的要求接受调查，因此被齐王谋反案牵连下狱，接受严刑审问。牵涉谋反可不是什么小事，按照唐律，是妥妥的死罪了。纥干承基不想死，于是千方百计地想做污点证人，在刑部积极自首，寻求立功，不但把他和李祐发生的事情一股脑儿说了，还把东宫里那些阴谋诡计乖乖供了出来，只求免于极刑。

纥干承基叛变，称太子谋反，这可不是什么小事。刑部不敢擅作主张，赶紧上达天听。天子立刻下诏调查。长孙无忌、房玄龄、萧瑀、李世勣等宰相级官员领衔，奉敕令组成了一个超级审案天团，调度中书省、门下省以及大理寺的各路管员参与协助。审案天团里没有庸人，全面调查之下，东宫里的那些图谋、图谋的那些参与者一一浮出水面，查得清清楚楚。于是长孙无忌、房玄龄等人就此上奏，称太子一党反形已具，案件事实清晰、证据确凿，李承乾、侯君集、李安俨等一应参与图谋的官员，都犯下了十恶不赦之最重的首位——谋反罪。

亲子谋反，这似乎是任何人都不愿意看见的人伦惨剧。但李世民看上去似乎并不觉得意外。其实，早在张亮调离东宫，前往洛阳任职的时候，他就已经将东宫的种种异动，还有侯君集等人的不满情绪一一汇报给了李世民，李世民只是示意暂且不动声色，等待他们一党的反叛迹象真正显现出来时，再处理不迟。

其实李世民还抱着一丝希望，如果李承乾最终没有行动，或许可以暂且掩盖过去，他也可以不用对自己这位嫡长子采取行动。

在李世民眼里，太子承乾还是太稚嫩了，承乾甚至无法真正收服以詹事于志宁、左庶子张玄素、右庶子赵弘智为首的东宫僚属，实质的威胁性其实并不大。李安俨虽然身居宿卫武官，直接影响天子的个人安全，但李世民自己当年就是靠着策反北门宿卫取得了玄武门之变的决胜，历来就注意自己宿卫队伍的掌控，从当年的阿史那结社谋反案以来，李世民进一步加强了对宿卫兵的重视，李安俨并不能真正策动宿卫参加反叛。

但是，李世民没有想到，真正可能给天子带来威胁的，是侯君集这个军界大佬。侯君集掌管兵部多年，又在带兵打仗中积累下很高的声望，他在军中的影响力，怎么高估都不会多。

太子一党谋逆一案被查后，由于侯君集是军中的顶梁柱，三法司轻易不敢惊动，直到侯君集的女婿、东宫千牛备身贺兰楚石走上朝堂，在天子和百官们面前告发了侯君集参与太子党阴谋的事情。于是天子召见侯君集，当面对他说道：“朕不想让刀笔吏来折辱侯公，所以自己来审问侯公这件事情。”

李世民继位以来，平常都与大臣们推心置腹，不爱摆些什么九五之尊的架子，谈话时与继位前一样，都是自称为“我”，要摆架子的时候，也是道一声“吾”。而在此时的场合下，他自称为“朕”，也许是因为侯君集问题牵涉实在太大，这位平灭数国的名将气场实在太强，连身经百战的李世民都要靠皇帝的威压来镇住场面了。

面对自己身受的指控，侯君集断然否认。