白教内部也有许多流派，但教义相似，传入乌斯藏之前就是同源，因此内部冲突不大，以拉萨西北的粗卜寺作为祖寺，主要势力范围在拉萨、工布及朵甘的玉树一带，大明永乐三年（公元1405年），成祖赐封粗卜寺主为“大宝法王”，是当时地位最高的全藏法王，在所有的藏人区都有寺庙。

噶举派首创了活佛转世制度，可见白教在乌斯藏的超然地位。

四、格鲁派，俗称黄教。

由宗喀巴于大明永乐七年（公元1409年）创立，虽然立教最晚，但影响却是最大，格鲁派一出现，就立即传遍藏人区，迅速在藏人心目中最为重要的前后藏居于统治地位。

格鲁派有六大名寺，其中在乌斯藏的就有位于拉萨的三大寺和位于日喀则的扎什伦布寺。

拉萨的三大寺包括甘丹寺、哲蚌寺和色拉寺。

甘丹寺位于拉萨城东北的卓旦沃切山，由格鲁派创始人宗喀巴所建，是格鲁派的祖寺，寺中主持称“甘丹赤巴”，是唯一由选举而不是转世而来的，地位仅次于达赖与班禅。

哲蚌寺位于拉萨城西部的格培乌孜山，格鲁派最有影响的达赖就是在这里修行，寺主称“哲蚌赤巴”，一般由达赖所兼任，著名的布达拉宫就位于哲蚌寺。

色拉寺位于拉萨城北郊的色拉乌孜山，寺主称“色拉赤巴”，有时也是由达赖兼任，色拉寺是培养武僧的基地，进入中原地区的佛教黄派武林高手，多半出自色拉寺。

而扎什伦布寺位于日喀则西郊，是班禅的修行地，当然此时还没有班禅的封号，“班禅”是大清顺治二年（公元1645年）由顺治赐封的。

但扎什伦布寺的寺主地位极高，甚至高于甘丹寺的甘丹赤巴，每逢达赖去世后，寻找转世灵童、处理政务工作时，他都临时主政，地位可见一斑。

但由于日喀则地区人口远远少于拉萨，经济收入不如拉萨地区的寺庙，所以班禅在黄教中地位屈居达赖之后。

让人觉得不可思议的是，四大教派虽然各有自己的传统领地，但都在整个藏人区广建寺庙，因此，格流派的寺庙往往混杂在一起，给各流派的纷争埋下种子。

乌斯藏是大明土地上少有的政教合一的地区，其宗教纠纷也与地方政权有着千丝万缕的联系。

从蒙元开始，统治乌斯藏的首领是来自山南地区桑日县的帕木竹家族，首领被赐封为“大司徒”，大明建国后，洪武帝赐封为“兰花王”。

后来政权被当地的朗氏家族继承，以乃东县为统治中心，主要活动在前藏地区，也就是拉萨。