东林党在朝中的势力，依然相当大，但那是对于百官们来说，在建立巨大军功的朱由检面前，他们还不敢放肆。

再说，从施府的确查抄了数额惊人的财产，施凤来贪墨可谓是板上钉钉的事，如果这时候为了施凤来向朱由检求情，搞不好就会惹祸上身。

大臣们逐渐明白了朱由检的手段。

司法院很快就对施凤来贪墨一案，进行了宣判：施凤来因为贪墨数额特别巨大，斩立决，家人流放岭北省，所有财产全部没入国库。

施凤来的案子还牵涉到许多朝中的官员，但朱由检不愿牵连太广，让朝政处于真空的状况，而且很多都是朱由检登基之前发生的事情，司法院也就没有再行立案，但朱由检将案件涉及到的大臣们，召集至乾清宫，狠狠训斥了一顿。

再次召开朝会的时候，国防院院长李春烨又一次提请朝堂讨论军事改革草案，由于其中的三条已经获得朝堂通过，朱由检只让大臣们再次讨论军人封爵的事。

大臣们都是面面相觑，谁也不敢乱说话，那意思很明显，反对最激烈的人，现在已经是阴阳两隔了，谁还愿意向枪口上撞？但我们不支持你的政策，你要是愿意，就唱你的独角戏好了。

半晌无人应答，黄立极提出折中的方案：“陛下，臣建议，既然军人可以按照军功，授予一定的爵位，那么文臣如果能为国立功，或者在自己的岗位上做出特别的贡献，也可以封爵。”

朱由检赞叹，黄立极不愧为良相，“黄爱卿说得不错，既然是封爵，文臣应该也有份，只要他们能为国立功，无论是守土、开疆，还是在平凡的岗位上为大明做出杰出的贡献，都可以封爵。”

大明原来就有爵位制，只不过以前只有公、侯、伯三等爵位，爵位人数偏少，除了宗室，能获得封爵的文臣，真是凤毛麟角，大臣们想要封爵，实在是难。

现在朱由检同意了黄立极的建议，将五等爵位推广到文臣，那文臣封爵的机会，也会大大增加。

李春烨、阎鸣泰、秦永年、曹文诏等国防院的人，首先表达了对朱由检的支持，他们并不反对文臣封爵，只要不影响军人封爵就行。

随后，乔允升、唐济世、毕自严等人也表示了支持意见。

在他们的带动下，大臣们一致支持朱由检和国防院的军改草案。

虽然有少数人还是准备反对，但朝堂通过这项改革，已是不可逆转，他们再也不会像施凤来那样，与皇帝硬杠了。

第二次军事改革的四项内容，全部在朝堂获得通过，虽然朱由检用清查贪墨的方式，逼迫大臣们同意这项方案，有点胜之不武，但朱由检已经顾不上这么多了。